Fort Yukon fut construit en 1847 au confluent de la Porcupine et du fleuve Yukon par Alexander Hunt Murphy, un marchand de la Compagnie de la Baie d’Hudson. À cette époque, le fort était érigé en territoire russe. Quand les États-Unis achetèrent l’Alaska (pour seulement sept millions de dollars en devises américaines) 20 ans plus tard, la CBH, craignant un conflit armé avec les Américains, déménagea ses affaires vers l’est (voir Rampart House).

L’hôpital de mission de Fort Yukon était l’œuvre de l’archidiacre Hudson Stuck, un auteur coloré, un missionnaire et un explorateur qui prit part à la première expédition pour l’ascension du mont McKinley, le plus haut sommet du continent. . Stuck mourut en 1920. Quand Mary arriva à la mission, l’hôpital était dirigé par le protégé de Stuck, le Dr Grafton Burke. Comme Mary le confia plus tard à un journal de Lancaster, le mentor de Burke "devait avoir une très belle personnalité. Il nous a quittés il y a déjà plusieurs années, mais vous croiriez qu’il est encore ici —son esprit semble simplement être partout dans le Nord."

Tout comme le poste de la CBH qui serait déplacé et renommé Rampart House, Fort Yukon était en pays gwitchin, et la plupart des habitants étaient des Autochtones. La frontière internationale imposée par les gouvernements américain et canadien laissa d’abord les Gwitchin indifférents, qui continuèrent à entretenir, par delà la frontière qui les séparait en deux communautés, des liens culturels et économiques très étroits.